Операция по пересадке роговицы в основном проводится под местной анестезией. Пациент не спит, обезболивается только его глаз и область вокруг глаза. Под общим наркозом может выполняться операция у детей и пациентов, которые не могут спокойно перенести операцию только под местной анестезий, либо общая анестезия применяется по предпочтению хирурга. После соответствующей обработки век и области вокруг глаза устанавливается небольшой инструмент, который предупреждает закрытие глаза веками. Хирург определяет диаметр роговицы для трансплантации. Поврежденная часть роговицы аккуратно удаляется. Если помимо трансплантации роговицы дополнительно запланирована операция по удалению катаракты, вначале удаляют катаракту и устанавливают интраокулярную линзу. Прозрачная донорская роговица помещается в сформированное ложе роговичного слоя реципиента и микрохирургическим методом накладываются швы, закрепляющие донорскую роговицу в ложе. В конце операции на глаз наносится крем с антибиотиком и глаз закрывается защитной линзой.